O estoque é por organização: cada marca tem o seu próprio estoque e ele não é compartilhado entre organizações.
O que dá para fazer
Dentro de uma mesma organização, você pode vincular produtos de canais diferentes — por exemplo um anúncio do Mercado Livre e um produto da Shopify — a um mesmo item de estoque, para que os dois deem baixa no mesmo saldo.
Esse é justamente o propósito do módulo: unificar o estoque real por trás de anúncios que vivem em plataformas diferentes.