Há uma diferença de comportamento entre as plataformas que vale entender antes de configurar.
Nuvemshop
Se você configura um meio de pagamento personalizado, a porcentagem de impostos cadastrada nele substitui o imposto da loja para esses pedidos. Não é acumulativo: vale um ou o outro.
Shopify
O imposto da loja se aplica a todos os meios de pagamento e não dá para sobrescrever por meio. Na Shopify você só configura comissões por meio de pagamento personalizado, não impostos.
Se na Shopify você precisa que um meio específico não carregue o imposto da loja, o caminho é ajustar a porcentagem geral ou compensar com um custo adicional, não configurar por meio.