Se você ativou usar custos da loja e os custos aparecem zerados, significa que na sua loja esses produtos estão com o custo em zero.
A Escalafy pega exatamente o custo que estiver cadastrado lá. Se está vazio, chega vazio, e a rentabilidade sai errada porque nenhum custo de produto é descontado.
Como resolver
Desative usar custos da loja e cadastre os custos manualmente em Configuração → Produtos, ou cadastre-os primeiro na sua loja e sincronize de novo.