Hay una diferencia de comportamiento entre plataformas que conviene tener clara antes de configurar.
Tienda Nube
Si configuras un método de pago personalizado, el porcentaje de impuestos que cargues en ese método reemplaza al impuesto de la tienda para esas órdenes. No es acumulativo: se aplica uno o el otro.
Shopify
El impuesto de la tienda se aplica a todos los métodos de pago y no se puede sobrescribir por método. En Shopify solo puedes configurar comisiones por método de pago personalizado, no impuestos.
Si en Shopify necesitas que un método concreto no cargue el impuesto de la tienda, la vía es ajustar el porcentaje general o compensarlo con un costo adicional, no configurarlo por método.